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Desvelando las estrategias microbianas en un océano cambiante: adaptación de los microrganismos a condiciones decrecientes de oxígeno

Una pequeña introducción…

La desoxigenación de los océanos se considera como una de las amenazas más importantes que ocurren actualmente en los ecosistemas marinos, ya que los océanos han perdido aproximadamente un 2% de su oxígeno durante los últimos 50 años. Sin embargo, el impacto de la desoxigenación no solo ocurre en las zonas oceánicas, las zonas hipóxicas y anóxicas costeras están en aumento. Para tener una idea de la distribución de las áreas con bajo contenido en oxígeno, a continuación, se presenta un mapa global de Breitburg et al. (2016). Los puntos rojos hacen referencia a las zonas hipóxicas costeras (contenido en oxígeno disuelto <60 µM O2 kg-1), mientras que las zonas representadas con un degradado azul representan las zonas de mínimo de oxígeno.

En consecuencia, los microrganismos tienen que hacer frente a estas condiciones decrecientes de oxígeno, pero, ¿cómo lo hacen? La respiración aeróbica se lleva a cabo mediante oxidasas terminales, un grupo de enzimas que juegan un papel fundamental en el último paso de la respiración aeróbica. Existen dos grupos de oxidasas terminales: oxidasas terminales de baja y alta afinidad (Low-affinity terminal oxidases/LATO, high-affinity terminal oxidases/HATO), con un valor de constante de semisaturación (Km) de 200 nmol O2 L-1 y 3-8 nmol O2 L-1, respectivamente. En contraste con los procariotas, que poseen únicamente oxidasas terminales de baja afinidad, los procariotas poseen tanto oxidasas terminales de baja como de alta afinidad. Los procariotas pueden usar ambos tipos de oxidasas terminales durante la respiración aeróbica para modular su afinidad por el oxígeno y, por tanto, adaptarse a condiciones decrecientes de oxígeno.

El modelo de cinética de Michaelis-Menten (imagen debajo del texto) puede utilizarse para estudiar el efecto de la concentración de oxígeno sobre las tasas de respiración y, por extensión, el comportamiento de la comunidad microbiana ante condiciones decrecientes de oxígeno. Los parámetros cinéticos, tasa de respiración máxima (Rmax) y la constante de semisaturación (Km) proporcionan una información general sobre el uso relativo de las diferentes oxidasas terminales y de las estrategias de adaptación empleadas por los microorganismos.

Este aumento en la extensión y distribución de las zonas deficientes en oxígeno, junto con su impacto en los ciclos biogeoquímicos a nivel global, hace imperativo un mayor conocimiento de los procesos microbianos que tienen lugar en dichas zonas. Así pues, la cinética de respiración aeróbica en medios con grandes gradientes de oxígeno nos ayudará a comprender la distribución de los microorganismos y sus procesos asociados que ocurren en la frontera óxica-anóxica.

Zonas de mínimo de oxígeno

Las zonas de mínimo de oxígeno son sistemas donde el hundimiento de materia orgánica producido por producción primaria en la superficie junto con una circulación lenta de las masas de agua conduce a la formación de masas de agua deficientes en oxígeno. La fuerte estratificación presente en las áreas tropicales hace que estas zonas de mínimo de oxígeno se extiendan ocupando amplias regiones, cubriendo casi 30 millones de Km2, lo que significa un 8% del total de la superficie de los océanos. Esto pone de manifiesto el importante papel que desempeñan estas zonas en la configuración de los ecosistemas marinos y de los ciclos biogeoquímicos, pero, ¿cómo?

Las OMZs desempeñan un papel esencial en el ciclo global del nitrógeno, en el que intervienen varias especies químicas y diferentes procesos bacterianos. Las OMZs están asociadas a la desnitrificación, un proceso que tiene lugar en regiones con deficiencia de oxígeno. Este proceso convierte el nitrato (NO3), uno de los principales nutrientes del océano, en nitrógeno gaseoso (N en forma de nitrógeno molecular, N2, u óxido nitroso, N2O), que se pierde en la atmósfera y contribuye al déficit oceánico de nitrato.

Las OMZ no sólo intervienen en el ciclo del nitrógeno, sino también en otros procesos biogeoquímicos como la producción de sulfuro (H2S) y metano (CH4), así como en la limitación del secuestro de CO2 atmosférico por el océano.

El impacto de las OMZ también se extiende a la biodiversidad, ya que esta zona deficiente en oxígeno puede servir de refugio frente a la depredación para organismos especialmente adaptados a estos niveles de oxígeno.

Por esta razón, las zonas de mínimo de oxígeno son cruciales para el estudio de la cinética de respiración aeróbica. Estos gradientes naturales de concentraciones de oxígeno nos permiten investigar y estudiar cómo las diferentes comunidades de microrganismos se adaptan a distintos niveles de concentraciones de oxígeno en la columna de agua. Reproduciendo estas condiciones en incubaciones controladas podemos observar los cambios en las tasas de respiración a lo largo de diferentes gradientes de oxígeno, haciendo de las zonas de mínimo de oxígeno laboratorios naturales.

Estudio de la cinética de respiración

Para medir la cinética de respiración, llevamos a cabo una serie de incubaciones en botellas de cristal modificadas. Monitoreamos y seguimos la concentración de oxígeno a lo largo del tempo de incubación mediante el uso de sensores de oxígeno de alta resolución, lo que nos permite medir las tasas de consumo de oxígeno desde anoxia hasta saturación completa. Las botellas de incubación permanecen en oscuridad y se sitúan en un baño con temperatura controlada. El set-up del experimento se muestra en la imagen inferior.

Utilizando los cambios en la concentración de oxígeno durante las incubaciones, podemos calcular las tasas de respiración a partir de regresión lineal de las concentraciones de oxígeno a lo largo del tiempo en las diferentes botellas con distintos niveles de oxígeno. Utilizando todas las tasas de respiración obtenidas en cada una de las botellas, podemos ajustar los datos al modelo de Michaelis-Menten y así caracterizar la cinética de respiración de la comunidad microbiana en cuestión, tal y como se puede observar en el siguiente gráfico.

Los puntos en el gráfico representan las tasas de consumo de oxígeno a lo largo del gradiente de oxígeno utilizado, desde valores muy bajos de oxígeno hasta saturación completa de oxígeno. La línea azul representa el modelo de Michaelis-Mente. Para una mejor visualización de los datos y su ajuste al modelo, se representa el gráfico en escala logarítmica, tanto para el eje de respiración como el de la concentración de oxígeno.

El trabajo detrás de las incubaciones

Antes de llevar a cabo las incubaciones, es esencial comprender las características físicas y químicas de la columna de agua. Para ello, utilizamos un sensor de conductividad-temperatura-profundidad, comúnmente conocido como CTD (del inglés, conductivity-temperature-depth). Este instrumento se usa ampliamente en el campo de la oceanografía para caracterizar los cambios en conductividad y temperatura con la profundidad. Los CTDs más modernos están equipados con sensores adicionales que miden datos de otros parámetros como concentración de oxígeno, fluorescencia (indicativo de la actividad del fitoplancton), turbidez, etc.

Los CTDs se encuentran anclados a una estructura metálica llamada roseta, la cual está formada por un conjunto de botellas que son utilizadas para recolectar agua de distintas profundidades. Las botellas pueden ser controladas remotamente desde una sala de control, donde los científicos reciben los datos en directo del CTD y pueden seguir los cambios en las características físicas y químicas de la columna de agua a medida que la roseta desciende. Una vez que la roseta comienza su retorno a la superficie, las botellas pueden ser cerradas remotamente a la profundidad seleccionada. Aquí tenéis un ejemplo: una roseta del R/V Atlantis (Woods Hole Oceanographic Institution, Massachusetts, E.E.U.U.). En concreto, esta roseta está compuesta por 24 botellas de 12 litros, aunque puede ser de distintos tamaños y tener más o menos botellas. El CTD está situado debajo del conjunto de botellas. Como medida de seguridad, la roseta siempre está anclada al suelo. El proceso de inmersión y recuperación del CTD puede llevarse a cabo por el equipo científico a bordo con las indicaciones del personal técnico, o puede ser controlado remotamente por un técnico, tal y como se muestran en las imágenes de abajo. Por otro lado, los científicos reciben la información del CTD y otros sensores asociados a tiempo real, lo que les permite tomar decisiones en cuanto a los experimentos o muestras a recolectar. Una vez que la roseta está en la superficie y asegurada en el suelo, el agua se obtiene directamente de las botellas mediante la conexión de un tubo al pitorro de la botella. El éxito de la recolección de muestras está en la colaboración entre científicos y técnicos.

Muestreo en Huelva

Hoy hemos vuelto a salir al campo. Nuestra investigadora postdoctoral Lot van der Graaf está tomando muestras en zonas de drenaje ácido de minas.

Intentamos comprender cómo diferentes procesos biológicos y químicos intervienen en la formación de curiosas manchas de cobre en esta mina abandonada del sur de España.

El proyecto (P20-01048) está cofinanciado por la Unión Europea, en el marco del Programa Operativo FEDER Andalucía «Crecimiento inteligente: una economía basada en el conocimiento y la innovación, respondiendo también a la Estrategia de Investigación e Innovación para la Especialización Inteligente de Andalucía (RISˑAndalucía) y a las prioridades y objetivos previstos en el Plan Andaluz de Investigación, Desarrollo e Innovación (PAIDI 2020).

SIMAV: Oferta de un contrato de Investigador Licenciado

Oferta de contrato de investigador licenciado para trabajar en el proyecto SIMAV donde se va a desarrollar un componente inalambrico acoplado a una sonda multiparamétrica para la monitorización en tiempo real de sistemas acuáticos someros.

¿Qué?

El candidato tendrá como tareas

Apoyar a la investigación relacionada con la ejecución de tareas para cumplir los objetivos del proyecto.
● Apoyar al equipo de investigación del proyecto en la definición, diseño e implementación de la infraestructura de telecomunicaciones a desarrollar.
● Organizar, mantener y utilizar los recursos de investigación del Laboratorio de Telecomunicaciones Marinas (LTM) de la UCA, situado en el edificio CASEM. El laboratorio está dotado con equipos e instrumentación de medida hasta el rango de las microondas: osciloscopios, analizadores de espectros y de redes, generadores vectoriales, sistemas WiMAX, medidores de ruido y de potencia, fuentes de alimentación, multímetros, etc.
● Gestionar la investigación: elaboración de informes y memorias, colaboración con otros participantes del proyecto, compras de material, componentes y equipos, preparación de reuniones y asistencia a las mismas (en Cádiz y en otras sedes del proyecto), etc.
● Participar en el diseño electrónico de circuitos, en la fabricación de prototipos, en las pruebas de integración y validación de laboratorio y de mar, en la selección de materiales y equipos electrónicos y mecánicos, etc.
● Generar y archivar la documentación técnica derivada de la actividad del laboratorio, realizar el inventario del material, equipos y componentes propios del LTM, etc.
● Integrarse y colaborar con el resto de los investigadores del proyecto en las actividades relacionadas con la ejecución del proyecto, como participar en reuniones de coordinación, difusión de resultados, preparar resultados para su publicación etc..

¿Cuándo?

El puesto comenzará cuanto antes y tendrá una duración de 4 meses, con la posibilidad de extensión hasta finalización del proyecto.

¿Dónde?

El trabajo se realizará en el Laboratorio de Telecomunicaciones Marinas (LTM) de la UCA bajo la supervisión de  Luis Mariscal en colaboración con el Laboratorio de Ecologia Microbiana y Biogeoquimica del Departamento de Biología de la Universidad de Cádiz, bajo la supervisión de Sokratis Papaspyrou.

Meritos preferentes

  • Grado en Ingeniería Electrónica o en Ingeniería de Telecomunicación.
  • Máster en Ingeniería Electrónica o en Ingeniería de Telecomunicación.

Adicionalmente, se valorará:

  • Experiencia demostrable en el uso de tecnologías de telecomunicaciones (sigfox, wimax, wifi, etc.).
  • Experiencia demostrable en integración de sistemas (sensores, actuadores, comunicaciones, energía, etc.).
  • Experiencia demostrable en diseño electrónico.
  • Acreditación oficial de nivel B1 en inglés

Más detalles disponibles en la propia convocatoria.

¿Cómo solicitarlo?

El plazo de presentación de solicitudes para la convocatoria de diciembre empieza el 1 de junio de 2022 y finaliza el 10 de junio de 2022 en la página web: Convocatorias de Capítulo VI 2021

Convocatoria: Anexo 14

Solicitudes

SIMAV: Oferta de dos contratos de Investigador Licenciado

Oferta de contrato de investigadores licenciados para trabajar en el proyecto SIMAV donde se va a desarrollar un componente inalambrico acoplado a una sonda multiparamétrica para la monitorización en tiempo real de sistemas acuáticos someros.

¿Qué?

El candidato tendrá como tareas

Apoyar a la investigación relacionada con la ejecución de tareas para cumplir los objetivos del proyecto.
● Apoyar al equipo de investigación del proyecto en la definición, diseño e implementación de la infraestructura de telecomunicaciones a desarrollar.
● Organizar, mantener y utilizar los recursos de investigación del Laboratorio de Telecomunicaciones Marinas (LTM) de la UCA, situado en el edificio CASEM. El laboratorio está dotado con equipos e instrumentación de medida hasta el rango de las microondas: osciloscopios, analizadores de espectros y de redes, generadores vectoriales, sistemas WiMAX, medidores de ruido y de potencia, fuentes de alimentación, multímetros, etc.
● Gestionar la investigación: elaboración de informes y memorias, colaboración con otros participantes del proyecto, compras de material, componentes y equipos, preparación de reuniones y asistencia a las mismas (en Cádiz y en otras sedes del proyecto), etc.
● Participar en el diseño electrónico de circuitos, en la fabricación de prototipos, en las pruebas de integración y validación de laboratorio y de mar, en la selección de materiales y equipos electrónicos y mecánicos, etc.
● Generar y archivar la documentación técnica derivada de la actividad del laboratorio, realizar el inventario del material, equipos y componentes propios del LTM, etc.
● Integrarse y colaborar con el resto de los investigadores del proyecto en las actividades relacionadas con la ejecución del proyecto, como participar en reuniones de coordinación, difusión de resultados, preparar resultados para su publicación etc..

¿Cuándo?

El puesto comenzará cuanto antes y tendrá una duración de 6 meses, con la posibilidad de extensión hasta finalización del proyecto.

¿Dónde?

El trabajo se realizará en el Laboratorio de Telecomunicaciones Marinas (LTM) de la UCA bajo la supervisión de  Luis Mariscal en colaboración con el Laboratorio de Ecologia Microbiana y Biogeoquimica del Departamento de Biología de la Universidad de Cádiz, bajo la supervisión de Sokratis Papaspyrou.

Meritos preferentes

  • Grado en Ingeniería Electrónica Industrial o Grado en Ingeniería Electrónica Industrial y Automática.
  • Máster en Investigación en Ingeniería de Sistemas y de la Computación.
  • Adicionalmente, se valorará:
  • Experiencia demostrable en el campo de los sistemas de control.
  • Formación específica en el campo de las redes informáticas.
  • Conocimientos informáticos sobre programación en C++, MATLAB, Python, etc.
  • Formación específica en automatismos industriales y/o robótica.
  • Acreditación oficial de nivel B1 en inglés.

Más detalles disponibles en la propia convocatoria.

¿Cómo solicitarlo?

El plazo de presentación de solicitudes para la convocatoria de diciembre empieza el 30 de abril de 2022 y finaliza el 9 de mayo de 2022 en la página web: Convocatorias de Capítulo VI 2021

Convocatoria: Anexo 10

Solicitudes

EXTREME-FUN: Oferta de un contrato de técnico de laboratorio

Oferta de un contrato de tecnico para trabajar en el proyecto EXTREME- FUN donde se van a estudiar los impactos de los fenómenos climáticos extremos, como las olas de calor y las tormentas de viento, en las zonas costeras poco profundas, centrándose en los impactos sobre la comunidad biológica y el funcionamiento biogeoquímico de las bahías poco profundas y las zonas intermareales.

¿Qué?

Buscamos un candidato motivado para trabajar en ecología microbiana y biogeoquímica de los ecosistemas oceánicos. El proyecto EXTREME-FUN (Efectos de los eventos climáticos extremos en el funcionamiento biogeoquímico de las zonas costeras poco profundas: de la micro a la macroescala), tiene como objetivo cuantificar de forma integrada el efecto de las olas de calor y los temporales de viento, que afectan a la temperatura y a las condiciones de resuspensión de los sedimentos, en el funcionamiento biogeoquímico de un ecosistema costero poco profundo.

El candidato, aparte del trabajo rutinario del laboratorio, apoyará una combinación de experimentos de laboratorio, medidas de campo y datos aéreos (satélite, drones…) para el estudio de la variabilidad espacial y temporal del microfitobentos y su contribución a la producción primaria del sistema y evaluar el efecto de los cambios en el forzamiento externo por temperatura y resuspensión/hidrodinámica en condiciones normales y extremas sobre la fisiología del microfitobentos, el acoplamiento pelágico bentónico y el flujo de carbono en todo el sistema.

¿Cuándo?

El puesto comenzará en febrero de 2022 y tendrá una duración de 6 meses, con la posibilidad de extensión hatsa finalisación del proyecto, revisado anualmente.

¿Dónde?

El trabajo se realizará en el Grupo de Ecología Microbiana y Biogeoquímica del Departamento de Biología de la Universidad de Cádiz, bajo la supervisión de Sokratis PapaspyrouAlfonso Corzo.

Requisitos

  • El candidato debe haber obtenido un grado en Ciencias Ambientales, Ciencias del Mar, Biología, Biotecnología, Química o similares.
  • Estar muy motivado y comprometido con el trabajo de laboratorio y de campo y tener capacidad de trabajar con un equipo de proyecto de caracter multidisciplinar e internacional.
  • Tener conocimientos y experiencia en trabajos experimentales de biogeoquímica, ecología microbiana, química ambiental o similar.
  • Tener un alto nivel de inglés escrito y hablado.

Más detalles disponibles en la propia convocatoria.

¿Cómo solicitarlo?

El plazo de presentación de solicitudes para la convocatoria de diciembre empieza el 17 de diciembre de 2021 y finaliza el 28 de diciembre de 2021 en la página web: Convocatorias de Capítulo VI 2021

Convocatoria: Anexo 2

Solicitudes

Por favor, envíe un correo electrónico con su CV a sokratis.papaspyrou@uca.es antes de enviar la solicitud.

EXTREME-FUN: Oferta de doctorado FPI para estudiar los efectos de los fenómenos climáticos extremos en zonas costeras poco profundas

Oferta de doctorado FPI Plan Estatal para estudiar los impactos de los fenómenos climáticos extremos, como las olas de calor y las tormentas de viento, en las zonas costeras poco profundas, centrándose en los impactos sobre la comunidad biológica y el funcionamiento biogeoquímico de las bahías poco profundas y las zonas intermareales.

¿Qué?

Buscamos un candidato motivado para realizar una tesis doctoral en ecología microbiana y biogeoquímica de los ecosistemas oceánicos. El proyecto será apoyado por el proyecto EXTREME-FUN (Efectos de los eventos climáticos extremos en el funcionamiento biogeoquímico de las zonas costeras poco profundas: de la micro a la macroescala), cuyo objetivo es cuantificar de forma integrada el efecto de las olas de calor y los temporales de viento, que afectan a la temperatura y a las condiciones de resuspensión de los sedimentos, en el funcionamiento biogeoquímico de un ecosistema costero poco profundo.

El candidato utilizará una combinación de experimentos de laboratorio, medidas de campo y datos aéreos (satélite, drones…) para estudiar la variabilidad espacial y temporal del microfitobentos y su contribución a la producción primaria del sistema y evaluar el efecto de los cambios en el forzamiento externo por temperatura y resuspensión/hidrodinámica en condiciones normales y extremas sobre la fisiología del microfitobentos, el acoplamiento pelágico bentónico y el flujo de carbono en todo el sistema.

¿Cuándo?

El doctorado comenzará en abril-mayo de 2022 y tendrá una duración de 3 años, con la posibilidad de una extensión de 1 año.

¿Dónde?

El doctorado se realizará en el Grupo de Ecología Microbiana y Biogeoquímica del Departamento de Biología de la Universidad de Cádiz, bajo la supervisión de Sokratis PapaspyrouAlfonso Corzo.

Requisitos

  • El candidato debe haber obtenido un grado en Ciencias Marinas o Ambientales, Biología, o similares y un máster preferiblemente también en los mismos temas.
  • Los candidatos deben estar pre-admitidos en un Programa de Doctorado en Ciencias y Tecnologías Marinas de la Universidad de Cádiz, incluyendo en la solicitud que es una pre-admisión para solicitar una beca FPI (posgrado.uca.es/doctor/)
  • Estar muy motivado y comprometido con el desarrollo de una carrera científica.
  • Tener conocimientos y experiencia en biogeoquímica, ecología acuática, microbiología, teledetección, química ambiental o similar.
  • Tener experiencia en lectura y escritura científica.
  • Tener un alto nivel de inglés escrito y hablado.

¿Cómo solicitarlo?

El Ministerio ha abierto la convocatoria del 28 de octubre hasta el 11 de noviembre de 2021 a las 14:00 en la página web: https://sede.micinn.gob.es/ayudaspredoctorales/

Convocatoria: Ayudas para contratos predoctorales para la formación de doctores 2021

Solicitudes

  • Envío de la solicitud obligatoriamente de forma electrónica a través de la aplicación: https://sede.micinn.gob.es/ayudaspredoctorales/
  • Referencia del Proyecto: PID2020-112488RB-I00, «EFECTO DE LOS EVENTOS CLIMATICOS EXTREMOS SOBRE EL FUNCIONAMIENTO BIOGEOQUIMICO DE ZONAS SOMERAS COSTERAS: DE LA MICRO A LA MACROESCALA»  
  • Solo se permite una única solicitud
  • Documentación a adjuntar:
    • documentación acreditativa de la pre-admisión en el Programa de Doctoradopagina de solicitud
    • Curriculum vitae abreviado según el formato de ministerio: plantilla
    • Certificado académico expedido por la Universidad en la que se obtuvo el titulo de Grado y Master: deben figurar las calificaciones obtenidas y la fecha de obtención. 
    • Copia del pasaporte en vigor en caso de ciudadanos extranjeros.

Por favor, envíe un correo electrónico con su CV a sokratis.papaspyrou@uca.es antes de enviar la solicitud.

Biocobre: Nuevo proyecto de MEBL

El grupo de investigación en Ecologia Microbiana y Biogeoquímica de la UCA (MEB-LAB) inicia el desarrollo de una nueva linea de investigación sobre la precipitación de cobre en ambientes contaminados por drenaje acido de minas en el marco del proyecto “Bioprecipitación de cobre metálico a partir de drenaje ácido de minas en la Faja Pirítica Ibérica» BIOCOBRE, financiado por la Junta de Andalucía.

El objetivo del proyecto es estudiar precipitados de sales y óxidos de cobre en ambientes contaminados por drenaje ácido de mina (AMD). Se investigarán las condiciones biogeoquímicas, la comunidad microbiana y las vías metabólicas implicadas en la precipitación de nanopartículas de cobre en biofilm que crece en zonas de drenaje ácido de mina (AMD) en la zona de la Faja Piritica Iberica (Huelva).

Los precipitados de sales y óxidos de Cu2+ y Cu+ son comunes en los ambientes contaminados por drenaje ácido de mina (AMD), pero no así los de Cu0. En BIOCOBRE se investigarán las condiciones biogeoquímicas, la comunidad microbiana y las vías metabólicas implicadas en la precipitación de nanopartículas de cobre metálico (Cu0) en un biofilm que crece en el drenaje ácido de mina (AMD) de la mina abandonada Mina Esperanza (Huelva). Para entender el proceso de bioprecipitación del Cuº, estableceremos los siguientes objetivos: 1) definir el ambiente geoquímico dentro del biofilm donde precipita el Cu0 y medir con precisión las tasas de precipitación de Cu0 en diferentes condiciones, 2) describir la evolución de la comunidad microbiana del biofilm desde la colonización hasta la madurez en diferentes condiciones ambientales, 3) aislar y cultivar los microorganismos del biofilm (principalmente hongos y bacterias) potencialmente implicados en el proceso de precipitación de Cu0. Para lograr estos objetivos, utilizaremos un enfoque multidisciplinar en el que combinaremos técnicas de vanguardia de diferentes disciplinas científicas: microsensores (O2, H2S, pH y Eh), métodos geoquímicos y mineralógicos, microscopía electrónica de transmisión de barrido (STEM), herramientas ómicas (metagenómica, metatranscriptomica, metaproteómica, metabolómica) y cultivos microbianos multiespecificos y axénicos. El impacto científico y socioeconómico de BIOCOBRE, si somos capaces de conseguir la precipitación de Cu0, podría ser elevado. Podría conducir a la obtención de patentes y probablemente abriría una nueva línea de investigación centrada en la bioingeniería del proceso de precipitación del Cu0, para convertirlo en una alternativa técnica y económicamente viable para recuperar el Cu0 del AMD, utilizando un enfoque ecológico a un coste reducido, en la que Andalucia estaría a la vanguardia.

En el proyecto colaboran investigadores de distintos departamentos y universidades:

Corzo Rodriguez, Alfonso, Dept Biología, Area de Ecología. Investigador principal, Coordinación general. Ecología microbiana
Papaspyrou, Sokratis, Dept Biología, Area de Ecología. Ecología microbiana.
García Robledo, Emilio Guillermo, Dept Biología, Area de Ecología. Ecología microbiana.
Duran Ruiz, Maria Del Carmen, Dept Biomedicina, Biotecnología y Salud Publica, Area de Bioquímica. Metaproteonómica.
Garrido Crespo, Carlos, Dept Biomedicina, Biotecnología y Salud Publica, Area de Microbiología. Aislamiento de microorganismos.
Lajaunie, Luc Cyrille Jacques, Dept de Ciencia de los Materiales e Ingeniería Metalúrgica y Química Inorgánica. Microscopia electrónica y análisis mineralógicos

Fig. 1. Salida del AMD de Mina Esperanza (Huelva) y canal de precipitación (A, E). Superficie del biofilm en el canal (B). Microsensor de O2 acoplado a un micromanipulador midiendo in situ (F). Porciones del biofilm con acumulaciones de Cu precipitado (color rosa) (C). Imágenes SEM de precipitación de Cu dentro de las masas rosadas con diferentes aumentos (D, G, H). El Cuº precipitado se encuentra en estrecha asociación con estructuras amorfas y filamentosas que podrían representar la matriz de EPS del biofilm y estructuras bacterianas como nanocables (nanowires) (H).

En el proyecto también participan:

Castillo Hernández, Julio Cesar. Univeridad de Free State, Sudafrica. Geomicrobiología, herramientas moleculares y microscopia.
Valverde Portal, Angel, IRNASA-CSIC. Microbiología.
Taylor, Joe Daniel, UK Centre for Ecology & Hydrology. Metagenómica.

El proyecto (P20-01048) está cofinanciado por la Unión Europea, en el marco del Programa Operativo FEDER Andalucía «Crecimiento inteligente: una economía basada en el conocimiento y la innovación, respondiendo también a la Estrategia de Investigación e Innovación para la Especialización Inteligente de Andalucía (RISˑAndalucía) y a las prioridades y objetivos previstos en el Plan Andaluz de Investigación, Desarrollo e Innovación (PAIDI 2020).

MAMBO: Oferta de doctorado para estudiar el metabolismo microbiano en Zonas de Mínimo de Oxígeno y ambientes limitados en oxígeno

Oferta de doctorado para estudiar el metabolismo microbiano en Zonas de Mínimo de Oxígeno y ambientes limitados en oxígeno, centrándose en el impacto de la disminución de los niveles de oxígeno en las tasas de respiración de microorganismos modelo y comunidades microbianas de Zonas de Mínimo de Oxígeno.

¿Qué?

Buscamos un candidato motivado para realizar una tesis doctoral en ecología microbiana y biogeoquímica de ecosistemas oceánicos. El proyecto doctoral será financiado por el proyecto MAMBO (MicrobiAl Metabolism in the Boundary of Oxic-anoxic conditions), que tiene como objetivo estudiar la respuesta de las comunidades microbianas marinas a la disminución de los niveles de oxígeno en los océanos, proporcionando información útil para entender los impactos de la desoxigenación del océano en las zonas costeras impactadas por eventos hipóxicos/anóxicos y en las vastas Zonas de Mínimo de Oxígeno.

El candidato utilizará una combinación de experimentos de laboratorio y medidas de campo durante campañas oceanográfics para estudiar la cinética de la respiración aeróbica y la expresión génica de microorganismos modelo y de la comunidad microbiana de regiones oceánicas afectadas o no por niveles bajos de oxígeno.

¿Cuándo?

El doctorado comenzará en abril-mayo de 2022 y tendrá una duración de 3 años, con la posibilidad de una prórroga de 1 año.

¿Dónde?

El doctorado se realizará en el Grupo de Ecología Microbiana y Biogeoquímica del Departamento de Biología de la Universidad de Cádiz, bajo la supervisión de Emilio Garcia Robledo.

Requisitos

– El candidato debe haber obtenido una licenciatura en Ciencias Marinas o Ambientales, Biología, Biotecnología o similares y un máster preferiblemente también en los mismos temas.

– Los candidatos deben estar pre-admitidos en un Programa de Doctorado en Ciencias y Tecnologías Marinas de la Universidad de Cádiz, incluyendo en la solicitud que es una pre-admisión para solicitar una beca FPI-UCA (posgrado.uca.es/doctor/)

– El candidato no debe ser doctor o haber tenido una beca de doctorado de más de 12 meses.

– Estar muy motivado y comprometido con el desarrollo de una carrera científica.

– Tener experiencia en ecología acuática, microbiología, biogeoquímica, biología molecular o similar.

– Tener experiencia en lectura y escritura científica

– Tener un alto nivel de inglés escrito y hablado

¿Cómo solicitarlo?

La Universidad de Cádiz ha abierto la convocatoria del 29 de octubre al 25 de Noviembre de 2021 en la página web: planpropioinvestigacion.uca.es/contratos-predoctorales-asociados-a-proyectos-y-rc-pif-2021/

Convocatoria: BOUCA341

Envíe un email con su CV a emilio.garcia@uca.es antes de solicitar la plaza.

Solicitudes

  • Envío de obligatorio de forma electronica a través de la aplicación: planpropioinvestigacion.uca.es/contratos-predoctorales-asociados-a-proyectos-y-rc-pif-2021/
  • Referencia del Proyecto Metabolismo Microbiano en la Frontera Oxica-Anoxica – MAMBO: PID2020-117340RA-00     
  • Solo se permite una única solicitud
  • Documentación a adjuntar:
    • documentación acreditativa de la pre-admisión en el Programa de Doctorado curso 2022/23: pagina de solicitud
    • Curriculum vitae según el formato recogido en el Anexo IV de la convocatoria: documento
    • Certificado académico expedido por la Universidad en la que se obtuvo el titulo de Grado y Master: deben figurar las calificaciones obtenidas y la fecha de obtención. Cuando se trate de certificados expedidos por centros extranjeros, se hará constar además cuáles son las calificaciones máximas y mínimas dentro del sistema de evaluación correspondiente, y cuál es la calificación mínima para aprobar. Si la certificación académica está expedida en un idioma distinto al español o inglés, deberá
      presentarse acompañada de la correspondiente traducción oficial a uno de estos dos idiomas.
    • Declaración responsable de no estar en posesión del titulo de Doctor: documento
    • Declaración responsable de no haber disfrutado previamente de un contrato predoctoral por tiempo superior a 12 meses: documento
    • Copia del pasaporte en vigor en caso de ciudadanos extranjeros.

EMERGE: Oferta de doctorado para estudiar los impactos de las olas de calor en los ecosistemas costeros

Oferta de doctorado para estudiar los impactos de las olas de calor en los ecosistemas costeros, centrándose en los cambios en el ciclo del carbono y el nitrógeno y la comunidad microbiana asociada.

¿Qué?

Buscamos un candidato motivado para realizar una tesis doctoral en ecología microbiana y biogeoquímica de ecosistemas costeros. La tesis estará incluida en el proyecto EMERGE (Impactos de las olas de calor en ambientes costeros poco profundos: efectos en las comunidades microbianas y la liberación de gases de efecto invernadero), que tiene como objetivo estudiar los ecosistemas costeros impactados por el aumento de las temperaturas durante las olas de calor cada vez más frecuentes. El candidato utilizará una combinación de experimentos de laboratorio (micro y mesocosmos) y medidas de campo para estudiar el metabolismo neto del compartimento bentónico, la producción y liberación de gases de efecto invernadero (metano, óxido nitroso y dióxido de carbono) y la comunidad microbiana con técnicas moleculares.

¿Cuándo?

El doctorado comenzará en abril-mayo de 2022 y tendrá una duración de 3 años, con la posibilidad de una prórroga de 1 año.

¿Dónde?

El doctorado se realizará en el Grupo de Ecologia Microbiana y Biogeoquímica del Departamento de Biología de la Universidad de Cádiz, bajo la supervisión de Emilio Garcia Robledo.

Requisitos

– El candidato debe haber obtenido una licenciatura en Ciencias Marinas o Ambientales, Biología, Biotecnología o similares y un máster preferiblemente también en los mismos temas.

– Los candidatos deben estar pre-admitidos en un Programa de Doctorado en Ciencias y Tecnologías Marinas de la Universidad de Cádiz, incluyendo en la solicitud que es una pre-admisión para solicitar una beca FPI-UCA (posgrado.uca.es/doctor/)

– El candidato no debe ser doctor o haber tenido una beca de doctorado de más de 12 meses.

– Estar muy motivado y comprometido con el desarrollo de una carrera científica.

– Tener experiencia en ecología acuática, microbiología, biogeoquímica, biología molecular o similar.

– Tener experiencia en lectura y escritura científica

– Tener un alto nivel de inglés escrito y hablado

¿Cómo solicitarlo?

La Universidad de Cádiz ha abierto la convocatoria del 29 de octubre al 25 de Noviembre de 2021 en la página web: planpropioinvestigacion.uca.es/contratos-predoctorales-asociados-a-proyectos-y-rc-pif-2021/

Convocatoria: BOUCA341

Envíe un email con su CV a emilio.garcia@uca.es antes de solicitar la plaza.

Solicitudes

  • Envío de obligatorio de forma electronica a través de la aplicación: planpropioinvestigacion.uca.es/contratos-predoctorales-asociados-a-proyectos-y-rc-pif-2021/
  • Referencia del Contrato Ramon y Cajal: RYC2019-027675. Título: «PROGRAMA DE DOCTORADO EN CIENCIAS Y TECNOLOGÍAS MARINAS»
  • Solo se permite una única solicitud
  • Documentación a adjuntar:
    • documentación acreditativa de la pre-admisión en el Programa de Doctorado curso 2022/23: pagina de solicitud
    • Curriculum vitae según el formato recogido en el Anexo IV de la convocatoria: documento
    • Certificado académico expedido por la Universidad en la que se obtuvo el titulo de Grado y Master: deben figurar las calificaciones obtenidas y la fecha de obtención. Cuando se trate de certificados expedidos por centros extranjeros, se hará constar además cuáles son las calificaciones máximas y mínimas dentro del sistema de evaluación correspondiente, y cuál es la calificación mínima para aprobar. Si la certificación académica está expedida en un idioma distinto al español o inglés, deberá
      presentarse acompañada de la correspondiente traducción oficial a uno de estos dos idiomas.
    • Declaración responsable de no estar en posesión del titulo de Doctor: documento
    • Declaración responsable de no haber disfrutado previamente de un contrato predoctoral por tiempo superior a 12 meses: documento
    • Copia del pasaporte en vigor en caso de ciudadanos extranjeros.

Biocobre: Convocatoria predoctorales Junta de Andalucía

Se busca candidato/a interesado/a en presentarse a la convocatoria de Ayudas para contratos predoctorales de personal investigador en formación de la Junta de Andalucía, para realizar la tesis doctoral en la Universidad de Cádiz en el marco del proyecto “Bioprecipitación de cobre metálico a partir de drenaje ácido de minas en la Faja Pirítica Ibérica» BIOCOBRE, financiado por la Junta de Andalucía.

El objetivo del proyecto es estudiar precipitados de sales y óxidos de cobre en ambientes contaminados por drenaje ácido de mina (AMD). Se investigarán las condiciones biogeoquímicas, la comunidad microbiana y las vías metabólicas implicadas en la precipitación de nanopartículas de cobre en biofilm que crece en zonas de drenaje ácido de mina (AMD) en la zona de la Faja Piritica Iberica (Huelva).

Para entender el proceso: 1) se definirá el ambiente geoquímico dentro del biofilm y se medirán las tasas de precipitación de cobre en diferentes condiciones, 2) se describirá la evolución de la comunidad microbiana del biofilm desde la colonización hasta la madurez, 3) se aislarán y se cultivarán los microorganismos del biofilm potenialmente implicados en el proceso de precipitación de cobre. Para lograr estos objetivos, utilizaremos un enfoque multidisciplinar en el que combinaremos técnicas de vanguardia de diferentes disciplinas científicas: microsensores (O2, H2S, pH y Eh), métodos geoquímicos y mineralógicos, microscopía electrónica de transmisión de barrido (STEM), herramientas ómicas (metagenómica, metatranscriptomica, metaproteómica, metabolómica) y cultivos microbianos multiespecificos y axénicos.

Requisitos

  • Licenciado o graduado en Ciencias Biológicas, Biotecnología o similar de al menos 240 créditos.
  • Nota media del expediente académico superior a 8,0 sobre 10.

Además, el/la candidato/a deberá tener alta motivación para realizar una tesis doctoral y voluntad de formarse como investigador/a en la microbiología de sistemas impactados por drenaje acido de minas, y tener conocimientos básicos de cultivos/reactores, herramientas omicas o biogeoquímica. Se valorará también buena capacidad de comunicación oral y escrita en inglés.

En caso de conseguir el contrato, de hasta 4 años de duración , el/la doctorando/a se incorporará al Área de Ecología del Departamento de Biología de la Universidad de Cádiz y en concreto en el grupo de ecología Microbiana y Biogeoquímica (microbentos.uca.es).

Contacto: Los interesados deben mandar su CV (con expediente académico) y carta de motivación a Alfonso Corzo (alfonso.corzo@uca.es) antes del 24 de junio de 2021.

Más información sobre la convocatoria aquí :https://ugi.uca.es/contratacion-personal-investigador-predoctoral-en-formacion-por-los-agentes-del-sistema-andaluz-del-conocimiento/